このコードは機能していないようです。csv ファイルには 10 行ありますが、印刷されるのは 5 行だけです。行 2、4、6、8、10 だけが印刷されます。
String text = CSVFile.readLine();
while (text != null){
//lines.add(infile.next());
//outfile.println(lines);
outfile.println(CSVFile.readLine());
if (CSVFile.readLine()==null)
break;
}
奇数をスキップする理由はわかっていると思いますが、修正方法がわかりません。readLine() を 2 回実行するように指示しているので、1 回目から 3 回目というように飲み込んでいると思います。