これで、ディレクトリとその履歴を git から正常に削除できました。
次のようなもので：
git filter-branch --index-filter "git rm -rf --cached --ignore-unmatch folder-to-delete" HEAD
ただし、私の git commit ログには、そのディレクトリのコミットがまだ含まれています。リポジトリの履歴を見ると、それらのディレクトリのすべてのコミットが表示されます。それらには（予想どおり）ファイルはありませんが、コミットはまだ履歴にあります。
これらのコミットも履歴から削除できますか?