Xcode 5.0.1 でもこの問題が発生します。楽器は UI から起動しても機能しませんが、楽器は Xcode 5.0 で正常に動作します。
調査の結果、instruments の起動時に iPhoneSimulator SDK の scriptAgent がクラッシュすることがわかりました。
Process: ScriptAgent [4297]
Path: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/iPhoneSimulator.platform/Developer/SDKs/iPhoneSimulator7.0.sdk/Developer/usr/bin/ScriptAgent
Identifier: ScriptAgent
Version: 270
Code Type: X86 (Native)
Parent Process: instruments [4208]
Responsible: eclipse [1017]
User ID: 110125050
Date/Time: 2013-11-11 10:52:49.044 +0800
OS Version: Mac OS X 10.9 (13A603)
Report Version: 11
Anonymous UUID: A496DC68-476F-589B-352C-303FA1CD2355
Sleep/Wake UUID: F65E37D7-0AFF-4867-9538-8736C8F0B908
Crashed Thread: 0 Dispatch queue: com.apple.main-thread
Exception Type: EXC_CRASH (SIGABRT)
Exception Codes: 0x0000000000000000, 0x0000000000000000
Application Specific Information:
iPhone Simulator (external launch) , iPhone OS 7.0.3 (unknown/11B508)
Thread 0 Crashed:: Dispatch queue: com.apple.main-thread
0 libsystem_kernel.dylib 0x02e94952 __pthread_kill + 10
1 libsystem_pthread.dylib 0x02e58167 pthread_kill + 101
2 libsystem_sim_c.dylib 0x02b6ae12 abort + 127
3 ScreenReaderCore 0x03db5853 SCRCUncaughtExceptionHandler + 111
4 CoreFoundation 0x005f7a1d __handleUncaughtException + 749
5 libobjc.A.dylib 0x0224ab5c _objc_terminate() + 100
6 libc++abi.dylib 0x02a5bf60 std::__terminate(void (*)()) + 14
7 libc++abi.dylib 0x02a5b97d __cxa_throw + 116
8 libobjc.A.dylib 0x0224a9cd objc_exception_throw + 323
9 CoreFoundation 0x005673bb +[NSException raise:format:] + 139
10 UIAutomation 0x00cbdf54 +[UIAXElement initializeAccessibility] + 668
11 UIAutomation 0x00cc1361 +[UIAXElement uiaxSystemWideElement] + 37
12 UIAutomation 0x00cd76d3 -[UIATarget init] + 317
13 UIAutomation 0x00cd758a +[UIATarget localTarget] + 65
14 ScriptAgent 0x0000ae25 0x1000 + 40485
15 ScriptAgent 0x00005e85 0x1000 + 20101
16 ScriptAgent 0x00008887 0x1000 + 30855
17 libdyld.dylib 0x02d5e70d start + 1
そこで、iPhoneSimulator7.0.sdk を Xcode 5.0 のものに置き換えたところ、この問題は解決しました。しかし、この置換に副作用があるかどうかはわかりません。