外部exe(メモ帳など)から外部ウィンドウを開き、事前定義されたサイズと位置に移動してサイズを変更する必要があります。
MoveWindow API を使用しようとしていますが、機能していないようです。Windows 8 x64 と VS2012 を使用しています。
これが私のコードです:
    <DllImport("user32.dll")> _
Public Function MoveWindow(ByVal hWnd As IntPtr, ByVal x As Integer, ByVal y As Integer, ByVal nWidth As Integer, ByVal nHeight As Integer, ByVal bRepaint As Boolean) As Boolean
End Function
Public Sub NoveNotepad()
    Dim ApplicationProcess = System.Diagnostics.Process.Start("Notepad.exe")
    ApplicationProcess.WaitForInputIdle()
    Dim ApplicationHandle = ApplicationProcess.MainWindowHandle
    Dim z = MoveWindow(ApplicationHandle, 600, 600, 600, 600, True) ' THIS RETURNS TRUE
End Sub