ファイルを開いてから閉じてから再度開くスクリプトを作成する必要があります。例えば:
#!/usr/bin/perl
open(File,">>test.csv");
print File "1234\n";
close(File);
open(File,">>test.csv");
print File "5678\n";
close(File);
このコードを eclipse で実行すると正常に動作しますが、cmd からスクリプトを実行しようとすると; ファイルは初めて開かれ、csv ファイルには 1234 のみが含まれます。