テストベクトルと事前分布の間のマハラノビス距離を計算するためにrpy2を使用しています。rpy2 をやめて scipy に移行したいのですが、テストすると rpy2 と scipy が同じ結果を返しません。これが私のサンプルコードです。
import numpy as np
from scipy import linalg
from scipy.spatial.distance import mahalanobis as mahalanobis
import rpy2.robjects as robjects
# The vector to test.
test_values = [692.5816522801106, 1421.4737901031651, 6.117859, 7.259449]
test_values_r = robjects.FloatVector(test_values)
test_values_np = np.array(test_values)
# The covariance matrix from the prior distribution
covs = [15762.87, 13486.23, 34.61164, 22.15451,
13486.23, 36003.67, 33.8431, 30.52712,
34.61164, 33.8431, 0.4143354, 0.1125765,
22.15451, 30.52712, 0.1125765, 0.2592451]
covs_np = np.reshape(np.array(covs), (4,-1))
covs_r = robjects.r["matrix"](robjects.FloatVector(covs), nrow = 4)
# The means of the prior distribution
centers = [808.0645, 1449.711, 4.8443, 4.95776]
centers_np = np.array(centers)
centers_r = robjects.FloatVector(centers)
r_dist = robjects.r["mahalanobis"](test_values_r, centers_r, covs_r)
# <FloatVector - Python:0x1052275a8 / R:0x10701bfa8>
# [29.782287]
np_dist = mahalanobis(test_values_np, centers_np, linalg.inv(covs_np))
# 5.4573150053873185
明らかな何かが欠けていますか?