通常の php unset を試しましたが、成功しませんでした。すべてがここにあるように見えますが、配列に残ります
$profileID = $_POST['profileID'];
$userID = $_POST['userID'];
$reChkMetaValue = get_user_meta($userID,'friends',true);
foreach($reChkMetaValue as $key => $value) {
if( ( $key = array_search($profileID, $reChkMetaValue) ) !== false );
unset( $reChkMetaValue[$key] );
}