わかりましたので、解決策は元のトップリンクを使用することでした:
<div class="welcome-msg"><?php echo $this->getWelcome(), $this->getChildHtml('topLinks') ?> </div>
この後、customer.xml と checkout.xml の不要な行をコメントせざるを得なくなりました。以下はコメントしないでおくことが重要です。
<!--Load this update on every page when customer is logged in-->
<customer_logged_in>
<reference name="top.links">
<action method="addLink" translate="label title" module="customer"><label>Log Out</label><url helper="customer/getLogoutUrl"/><title>Log Out</title><prepare/><urlParams/><position>100</position></action>
</reference>
</customer_logged_in>