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for ループを apply ステートメントに置き換えるたびに、R スクリプトの実行速度が向上しますが、例外があります。apply ファミリを正しく使用することにまだ慣れていないので、for ループよりもパフォーマンスを向上させる (つまり、高速化する) には、apply ステートメントに何ができるでしょうか?

サンプルデータ:

vc<-as.character(c("120,129,129,114","103,67,67,67,67,10,10,10,12","2,1,1,1,2,4,3,1,1,1,3,2,1,1","1,3,1,1,1,1,1,4",NA,"5","1,1,99","2,2,2,16,11,11,11,11,11,29,29,26,26,26,26,26,26,26,26,26,26,31,24,29,29,29,29,40,24,23,3,3,3,6,6,4,5,4,4,3,3,4,4,6,8,8,6,6,6,5,3,3,4,4,5,5,4,4,4,4,6,11,10,11,10,14,2,2,22,22,22,22,24,24,24,23,24,24,24,23,24,23,23,23,24,25,27,27,24,24,26,24,25,25,24,25,26,29,31,32,32,32,32,33,32,35,35,35,52,44,37,26","20,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,19,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,19,19,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,17,1,1,1,12,10","67,63,73,70,75,135,94,94,96,94,95,96,96,97,94,94,94,94,24,24,24,24,24,24,24,24,24,24,24,1,1,1"))

目標は、各行に vc の各要素の上位 3 の値が含まれる数値行列 m.res を作成することです。forループは次のとおりです。

fx.test1 
function(vc) 
     {
     m.res<-matrix(ncol=3, nrow=length(vc))
     for (j in 1:length(vc)) 
      {vn<-as.numeric(unlist(strsplit(vc[j], split=","))) 
      vn[is.na(vn)]<-0; vn2<-rev(sort(vn)) 
      m.res[j,]<-vn2[1:3]
      }
     }

以下は私の「適用ソリューション」です。なぜ遅いのですか？どうすれば速くなりますか？ありがとうございました！

fx.test2
function(vc) 
    {
    m.res<-matrix(ncol=3, nrow=length(vc))
    vc[is.na(vc)]<-"0"
    ls.vc<-sapply(vc, function(x) tail(sort(as.numeric(unlist(strsplit(x, split=",")))),3), simplify=TRUE)
    #names(ls.vc)<-seq(1:length(vc))
    ls.vc2<-lapply(ls.vc, function(x) c(as.numeric(x), rep(0, times = 3 - length(x))))
    m.res<-as.matrix(t(as.data.frame(ls.vc)))
    return(m.res)
}

system.time(m.res<-fx.test1(vc))
#   user  system elapsed 
#  0.001   0.000   0.001 

system.time(m.res<-fx.test2(vc))
#   user  system elapsed 
#  0.003   0.000   0.003

更新: @John の提案に従い、2 つのトリミングされた真に同等の関数を生成しました。確かに、lapply 関数を多少高速化することはできましたが、それでも for ループよりも遅いです。これらの関数を最適化して速度を上げる方法についてアイデアがあれば、お知らせください。皆さん、ありがとうございました。

fx.test3<-function(vc) 
{
    L<-strsplit(vc,split=",")
    m.res<-matrix(ncol=3, nrow=length(vc))
    for (j in 1:length(vc)) 
        {
        m.res[j,]<-sort(c(as.numeric(L[[j]]),rep(0,3)), decreasing=TRUE)[1:3]
    }
    return(m.res)
}



fx.test4<-function(vc) 
    {
        L<-strsplit(vc, split=",")
        D<-t(as.data.frame(lapply(L, function(X) {sort(c(as.numeric(X),rep(0,3)),decreasing=TRUE)[1:3]})))
        row.names(D)<-NULL
        m.res<-as.matrix(D)
        return(m.res)
    }

system.time(fx.test3(vc))
#   user  system elapsed 
#  0.001   0.000   0.001

system.time(fx.test4(vc))
#   user  system elapsed 
#  0.002   0.000   0.002
4

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