fasta シーケンスのアラインメントを作成する次のプログラムをコンパイルしたいと思います。このプログラムは次の場所で入手できます。
http://compbio.cs.princeton.edu/mems/
sparseMEMというzipファイルをダウンロードし、Ubuntu Linuxでg++をダウンロードしたところ、作成したディレクトリにMakefileアーカイブがあるので、makeでコンパイルしてみました。問題は、次のエラーが発生したことです。
g++ -lpthread -O3 -DSIXTYFOURBITS mummer.o qsufsort.o sparseSA.o fasta.o -o mummer
mummer.o: In function `main':
mummer.cpp:(.text.startup+0x480): undefined reference to `pthread_create'
mummer.cpp:(.text.startup+0x4a8): undefined reference to `pthread_join'
sparseSA.o: In function `sparseSA::MEM(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >&, std::vector<match_t, std::allocator<match_t> >&, int, bool, int)':
sparseSA.cpp:(.text+0x3bbc): undefined reference to `pthread_create'
sparseSA.cpp:(.text+0x3be0): undefined reference to `pthread_join'
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [mummer] Error 1
どうすれば実行できますか？
また、誰かがこのプログラムをテストする方法を知っていれば、それは素晴らしいことです
ありがとう