データを 1 つの配列内のオブジェクトではなく、2 次元配列として返そうとすると問題が発生します。
次のようにクエリ結果を取得します。
    if($stmt->rowCount()){
        echo json_encode($stmt->fetchAll(PDO::FETCH_ASSOC)); exit;  
    }
json_encode から取得したデータは次のようになります。
   [
      {"id":"1","name":"Test"},{"id":"2","name":"Test 2"}
   ]
この形式で返されるデータを取得しようとしている方法:
[0] 
  [0] = "1";
  [1] = "Test";
[1]
  [0] = "2";
  [1] = "Test 2";
PDO は結果をフェッチするときにそのような形式を提供しますか?