私は、pymc で有界分布の使用を検討しています。ガンマ事前分布を 2 つの値の間で制限しようとしています。テスト値がないため、モデルの仕様が失敗しているようです。これらの種類のモデルを指定できるようにするには、どのように testval 引数を渡すことができますか?
完全を期すために、エラーと最小限の例を以下に含めました。ありがとうございました！
AttributeError: <pymc.quickclass.Gamma object at 0x110a62890> has no default value to use, checked for: ['median', 'mean', 'mode'] pass testval argument or provide one of these.
import pymc as pm
import numpy as np
ndims = 2
nobs = 20
zdata = np.random.normal(loc=0, scale=0.75, size=(ndims, nobs))
BoundedGamma = pm.Bound(pm.Gamma, 0.5, 2)
with pm.Model() as model:
xbound = BoundedGamma('xbound', alpha=1, beta=2)
z = pm.Normal('z', mu=0, tau=xbound, shape=(ndims, 1), observed=zdata)
編集: 参照目的で、制限されたガンマ事前分布を利用した単純な作業モデルを次に示します。
import pymc as pm
import numpy as np
ndims = 2
nobs = 20
zdata = np.random.normal(loc=0, scale=0.75, size=(ndims, nobs))
BoundedGamma = pm.Bound(pm.Gamma, 0.5, 2)
with pm.Model() as model:
xbound = BoundedGamma('xbound', alpha=1, beta=2, testval=2)
z = pm.Normal('z', mu=0, tau=xbound, shape=(ndims, 1), observed=zdata)
with model:
start = pm.find_MAP()
with model:
step = pm.NUTS()
with model:
trace = pm.sample(3000, step, start)
pm.traceplot(trace);