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私は R が初めてで、R で自分のデータを使って何かをしたいと思っています。R でこれを実装する方法を教えてもらえますか?

次のようなデータマトリックス（mydata1）があり、2番目のデータベースから2番目の列を追加したいと思います。

私の最初のデータマトリックスは次のようなものです:

> mydata1[1:4,1:3]

 Gene ID              lung.cancer lung.cancer.1 lung.cancer.2
hsa-miR-616*      3.653241       1.00000      1.838179
hsa-miR-1296     2.688751      36.12798     43.823880
hsa-miR-338-5p   29.893947      2.21830     48.048856
hsa-miR-452*    5.693279    1015.58508   35.165157
>

私の2番目のデータベースは次のようなものです:

> Database 

      ENS ID           Gene ID

    ENSG00000221263   hsa-mir-548p
    ENSG00000207941   hsa-miR-616
    ENSG00000207800   hsa-mir-504
    ENSG00000222831   hsa-mir-1537
    ENSG00000207582   hsa-mir-30b
    ENSG00000199153   hsa-miR-338-5p
    ENSG00000215998   hsa-mir-935
    ENSG00000207804   hsa-mir-599

最初のデータマトリックス ( ) をGene ID呼び出した後に新しい列を追加したいので、遺伝子 ID を取得して検索し、見つかった場合は新しい列に対応するものを追加します。ENS IDmydata1mydata1DatabaseENS IDmydata1

予想される出力は次のようになります。

  Gene ID            ENS ID            lung.cancer lung.cancer.1 lung.cancer.2
    hsa-miR-616*     ENSG00000207941   5.653241       1.00000      1.838179
    hsa-miR-1296                       7.688751      36.12798     3.823880
    hsa-miR-338-5p   ENSG00000199153   29.893947      42.21830     8.048856
    hsa-miR-452*                       52.693279    115.58508   15.165157
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私は@ user2806363が意味を読むことができないことに不満を感じてこれを行っています。

> mydata1[,1] <- sub("\\*","",mydata1[,1])
> dput(mydata1)
structure(list(Gene_ID = c("hsa-miR-616", "hsa-miR-1296", "hsa-miR-338-5p", 
"hsa-miR-452"), lung.cancer = c(3.653241, 2.688751, 29.893947, 
5.693279), lung.cancer.1 = c(1, 36.12798, 2.2183, 1015.58508), 
    lung.cancer.2 = c(1.838179, 43.82388, 48.048856, 35.165157
    )), .Names = c("Gene_ID", "lung.cancer", "lung.cancer.1", 
"lung.cancer.2"), row.names = c(NA, -4L), class = "data.frame")
> dput(Database)
structure(list(ENS_ID = structure(c(7L, 5L, 3L, 8L, 2L, 1L, 6L, 
4L), .Label = c("ENSG00000199153", "ENSG00000207582", "ENSG00000207800", 
"ENSG00000207804", "ENSG00000207941", "ENSG00000215998", "ENSG00000221263", 
"ENSG00000222831"), class = "factor"), Gene_ID = structure(c(5L, 
7L, 4L, 1L, 2L, 3L, 8L, 6L), .Label = c("hsa-mir-1537", "hsa-mir-30b", 
"hsa-miR-338-5p", "hsa-mir-504", "hsa-mir-548p", "hsa-mir-599", 
"hsa-miR-616", "hsa-mir-935"), class = "factor")), .Names = c("ENS_ID", 
"Gene_ID"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L))

> merge(mydata1, Database)
         Gene_ID lung.cancer lung.cancer.1 lung.cancer.2          ENS_ID
1 hsa-miR-338-5p   29.893947        2.2183     48.048856 ENSG00000199153
2    hsa-miR-616    3.653241        1.0000      1.838179 ENSG00000207941

> merge(mydata1, Database, all.x=TRUE)
         Gene_ID lung.cancer lung.cancer.1 lung.cancer.2          ENS_ID
1   hsa-miR-1296    2.688751      36.12798     43.823880            <NA>
2 hsa-miR-338-5p   29.893947       2.21830     48.048856 ENSG00000199153
3    hsa-miR-452    5.693279    1015.58508     35.165157            <NA>
4    hsa-miR-616    3.653241       1.00000      1.838179 ENSG00000207941
>
于 2013-11-05T23:17:33.130 に答える
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クラス（データベース）=マトリックス、クラス（mydata）=マトリックス、およびすべての列が文字クラスであると仮定すると、

temp=numeric(nrow(Database))    

for( i in 1:nrow(Database)){
  ind=which(Database[,2]==mydata[,1])

  if(length(ind)!=0){

    temp[ind]=Database[,1][ind]


  }
}
cbind(mydata[,1],temp,mydata[,2],mydata[,3])

あなたが探しているものを提供します

于 2013-11-05T22:56:59.600 に答える