私は C++ にますます慣れようとしており、ファイル操作に関するものを書き込もうとしています。私はfastaファイルを解析できる何かの途中で、少し動けなくなりました:
#include<fstream>
#include<iostream>
#include<string>
#include<vector>
using namespace std;
//A function for reading in DNA files in FASTA format.
void fastaRead(string file)
{
ifstream inputFile;
inputFile.open(file);
if (inputFile.is_open()) {
vector<string> seqNames;
vector<string> sequences;
string currentSeq;
string line;
while (getline(inputFile, line))
{
if (line[0] == '>') {
seqNames.push_back(line);
}
}
}
for( int i = 0; i < seqNames.size(); i++){
cout << seqNames[i] << endl;
}
inputFile.close();
}
int main()
{
string fileName;
cout << "Enter the filename and path of the fasta file" << endl;
getline(cin, fileName);
cout << "The file name specified was: " << fileName << endl;
fastaRead(fileName);
return 0;
}
関数は、次のようなテキスト ファイルを通過する必要があります。
Hello World!
>foo
bleep bleep
>nope
「>」で始まるものを特定し、それらをベクトル seqNames にプッシュしてから、内容をコマンド ラインに報告します。- それで、高速フォーマットのヘッドを検出する機能を書き込もうとしています。ただし、コンパイルすると、次のように表示されます。
n95753:Desktop wardb$ g++ testfasta.cpp
testfasta.cpp:25:25: error: use of undeclared identifier 'seqNames'
for( int i = 0; i < seqNames.size(); i++){
^
testfasta.cpp:26:17: error: use of undeclared identifier 'seqNames'
cout << seqNames[i] << endl;
ただし、次の行でベクトルを宣言したと確信しています。
vector<string> seqNames;
ありがとう、ベン。