Abnumという番号付けサーバーを使用して、pdb ファイルの再番号付けを自動化しようとしています。彼らは次のように述べています：構造に番号を付けるには、パラメータを POST 形式で渡し、enctype="multipart/form-data" を使用する必要があります。単一のシーケンスでは機能しますが、pdb ファイル (プレーンテキスト ファイル) のアップロードには問題が残ります。
私のコード:
import requests
rel_path = "PDB_mono"
rel_path2 = "1A5F.pdb"
i = os.path.abspath(__file__)
g = os.getcwd()
mypath = os.path.join(g,rel_path)
mypath = os.path.join(mypath,rel_path2)
print mypath
url = 'http://www.bioinf.org.uk/cgi-bin/abnum/abnumpdb.pl?plain=1&pdb=1A5F.pdb&scheme=-a&output=-l'
files = {'file': open('1A5F.pdb', 'rb')}
r=requests.post(url, files={'file': open(mypath)}).content
print r
マイファイル:
mypath =F:\Leuven\Python\PDB_mono\1A5F.pdb
応答：
<html>
<head>
<title>AbNum results</title>
<link rel='stylesheet' href='/bo.css' />
</head>
<body>
<h1>Abnum: PDB numbering</h1>
<h3>There was an error in your submission</h3>
<pre>
Either the PDB file you specified did not exist, or contained no ATOM records
</pre>
<p>Click the browser "Back" button to return to the form and correct your error.</p>
</body>
</html>
</body>
</html>
私はWindows 7、python 2.7を使用しています。
応答、または少なくとも正しい方向を指していることを本当に感謝します
PDB ファイルの例:
右側からテキストファイルとしてダウンロードできます。原子の座標を含む単純なファイルです