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XmlAdapter の ValueType と BoundType に加えて、アンマーシャリング時に要素のコンテキストを知る必要があります。XPath 2.0 式を表す属性を解析する必要があり、それを実行するために名前空間コンテキストを収集する必要があります。
追加情報として非整列化のコンテキストとして JAXB が DOM ノードを返す方法はありますか?
あなたの質問を正しく理解できたかどうかはわかりませんが、JAXB からコンテキストとしてではなく DOM を取得することはできません。その理由は、JAXB は DOM とは何の関係もない (少なくとも同じではない) からです。
それが役立つかどうかはわかりませんが、次のように記述して、特定のクラスの JAXBContext を作成できます。
JAXBContext.newInstance(YourClass.class);