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ネイティブの libxxxx.so ファイルを使用する JAR ファイル (Linux サーバーで実行するため) を作成しています。.so ファイルをどこにでも置き、 -Djava.library.path オプションを使用してその場所を渡すことができます。

.so ファイルを jar に含めて、jar を実行するときに場所にコピーしてその場所を含める必要がないようにすることはできますか?

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