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ここで説明されているように、rasterstack から extract() を実行し、ax,y txt ファイルを作成することができます

ただし、大きなラスタースタックを使用すると、メモリの問題が発生します。

library(raster)   
r <- raster(nrow=1000, ncol=1500)  
s <- stack( sapply(1:366, function(i) setValues(r, rnorm(ncell(r), i, 3) )) )  
s[1:3]<-NA  
vals<-extract(s,1:ncell(s))  
Warning messages:  
1: In s[1:3] <- NA :  
  Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size)  
2: In s[1:3] <- NA :  
  Reached total allocation of 1535Mb: see help(memory.size)  
coord<-xyFromCell(s,1:ncell(s))  
combine<-cbind(coord,vals)  
write.table(combine,"xyvalues.txt")  

助けていただければ幸いです。
前もって感謝します。

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