ddply(パッケージ plyr) を cor と共に使用して、因子 (「プロット」) で分割されたピアソン相関を計算したいと考えています。列が列名としてcorに渡された場合は正常に実行できますが、列番号で渡された場合はできません。
日付枠:
head(chlor2013.df)
Plot X645 X665 Chlorophyll
1 1 0.019 0.054 0.3647
2 1 0.061 0.170 1.1588
3 1 0.021 0.054 0.3827
4 2 0.033 0.092 0.6270
5 2 0.055 0.148 1.0259
6 2 0.018 0.045 0.3234
ddplyとcor、およびデータ フレームの列名を使用します。
ddply(chlor2013.df, .(Plot), summarize, cor.v2.v3 = cor(X645,X665, use="complete.obs"))
Plot cor.v2.v3
1 1 0.9610698
2 2 0.9261662
3 3 0.9191197
4 4 0.9104561
5 5 0.9541877
6 6 0.8750801
7 7 0.9949413
各行が一意の相関値を示していることに注意してください。上記は私が欲しいものです。
ddplyとcor、およびデータ フレームの列番号を使用します。
ddply(chlor2013.df, .(Plot), summarize, cor.v2.v3 = cor(chlor2013.df[2:3],
use="complete.obs"))
Plot cor.v2.v3.1 cor.v2.v3.2
1 1 1.0000000 0.9698445
2 1 0.9698445 1.0000000
3 2 1.0000000 0.9698445
4 2 0.9698445 1.0000000
5 3 1.0000000 0.9698445
6 3 0.9698445 1.0000000
7 4 1.0000000 0.9698445
8 4 0.9698445 1.0000000
9 5 1.0000000 0.9698445
10 5 0.9698445 1.0000000
11 6 1.0000000 0.9698445
12 6 0.9698445 1.0000000
13 7 1.0000000 0.9698445
これで、すべての r 値が同一になり、係数で分割されていない場合の 2 つの列の相関関係を表します。そのため、列番号の構文は列名の構文とは異なります。私は何が欠けていますか？
最終的に、3 つの変数 (X645、X665、およびクロロフィル) の相関行列を Plot で分割して計算したいと考えています。
ありがとう