python - RPy を介して lme4.lmer 出力で anova を呼び出す

Question

RPy 経由で lme4.lmer() で生成された一連の線形モデルの逸脱を分析しようとしています。このノートブックは、deps をインポートし、ファイルをロードし、lme4.lmer() を実行し、それらに対して anova を実行できなかった完全な例を示しています。

ご参考までに、失敗している行の貼り付けをもう一度ここに示します。

compare = stats.anova(res[0], res[1], res[2])
    Error in Ops.data.frame(data, data[[1]]) : 
      list of length 3 not meaningful
    In addition: Warning message:
    In anova.merMod(<S4 object of class "lmerMod">, <S4 object of class "lmerMod">,  :
      failed to find unique model names, assigning generic names

    ---------------------------------------------------------------------------
    RRuntimeError                             Traceback (most recent call last)
    <ipython-input-47-fe0ffa3b55de> in <module>()
    ----> 1 compare = stats.anova(res[0], res[1], res[2])

    /usr/lib64/python2.7/site-packages/rpy2/robjects/functions.pyc in __call__(self, args, **kwargs)
         84                 v = kwargs.pop(k)
         85                 kwargs[r_k] = v
    ---> 86         return super(SignatureTranslatedFunction, self).__call__(*args, **kwargs)

    /usr/lib64/python2.7/site-packages/rpy2/robjects/functions.pyc in __call__(self, *args, **kwargs)
         33         for k, v in kwargs.iteritems():
         34             new_kwargs[k] = conversion.py2ri(v)
    ---> 35         res = super(Function, self).__call__(*new_args, **new_kwargs)
         36         res = conversion.ri2py(res)
         37         return res

    RRuntimeError: Error in Ops.data.frame(data, data[[1]]) : 
      list of length 3 not meaningful

このコードは R で次のように完全に実行されます。

> mydata = read.csv("http://chymera.eu/data/test/r_data.csv")
> library(lme4)
Loading required package: lattice
Loading required package: Matrix
> lme1 = lme4.lmer(formula='RT~cat2 + (1|ID)', data=mydata, REML=FALSE)
Error: could not find function "lme4.lmer"
> lme1 = lmer(formula='RT~cat1 + (1|ID)', data=mydata, REML=FALSE)
> lme2 = lmer(formula='RT~cat2 + (1|ID)', data=mydata, REML=FALSE)
> anova(lme1,lme2)
> lme3 = lmer(formula='RT~cat2*cat1 + (1|ID)', data=mydata, REML=FALSE)
> stats::anova(lme1, lme2, lme3)
Data: mydata
Models:
lme1: RT ~ cat1 + (1 | ID)
lme2: RT ~ cat2 + (1 | ID)
lme3: RT ~ cat2 * cat1 + (1 | ID)
     Df    AIC    BIC  logLik deviance  Chisq Chi Df Pr(>Chisq)    
lme1  4 116.68 122.29 -54.342   108.68                             
lme2  4 149.59 155.19 -70.793   141.59  0.000      0          1    
lme3  6 117.19 125.59 -52.594   105.19 36.398      2  1.248e-08 ***
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

RPyでも実行できるように手伝ってもらえますか?