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R は大学のクラスターにインストールされていますが、ユーザーにはメイン リポジトリにパッケージをインストールする権限がありません。R パッケージをインストールして実行できる個人または一時リポジトリをユーザー ログインに設定することはできますか?

install.packages を使用してパッケージをインストールしようとしています。

>install.packages('BiocInstaller_1.13.2.tar.gz', destdir="/home/jti222/programs",
lib="/home/jti222/R", repos=NULL, type="source")

次に、次のメッセージを返します。

/share/cluster/apps/R/2.8.1/lib64/R/bin/INSTALL: line 280: /usr/bin/sed: No such 
file or directory
ERROR: cannot extract package from 'BiocInstaller_1.13.2.tar.gz'
Warning message: In install.packages("BiocInstaller_1.13.2.tar.gz", destdir =    
"/home/jti222/programs",  : installation of package 'BiocInstaller_1.13.2.tar.gz' 
had non-zero exit status

不足している引数がありますか、それともこれを行うことはできませんか?

助けてくれてありがとう！

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R 2.8.1 は非常に古い (2009?)。最近のバージョンでは、install.packages()またはを試したときsource("http://biocondcutor.org/biocLite.R"); biocLite()に、自分のライブラリにパッケージをインストールするかどうか、つまり、まさに何をしようとしているのかを尋ねてきます。また、BiocInstaller のバージョンは R の特定のバージョンで動作するように設計されており、バージョン 1.13.* は R の現在の開発 (3.1 になる予定) バージョンで動作するように設計されています。数年前の R で現在の Bioconductor パッケージを実行しようとしても、長期的な幸福は得られません。

システム管理者に最新の R をインストールするよう依頼してください。古いソフトウェアを実行している豪華なクラスターを持つ意味はありません。

または、R を自分でインストールします。実際にはそれほど難しいことではありません (これは控えめな表現かもしれません。特に、インストールされているソフトウェアが R ソフトウェアと同じくらい古い場合)。公式の手順は次のとおりです。セクション 1 と 2.1 だけを理解する必要があります。

mkdir ~/src && cd ~/src
svn checkout https://svn.r-project.org/R/trunk/ R-devel
R-devel/tools/rsync-recommended
mkdir ~/bin/R-devel && cd ~/bin/R-devel
~/src/R-devel/configure && make -j

に続く

~/bin/R-devel/bin/R

ほとんどの方法であなたをそこに連れて行くかもしれません。libxml の欠落やその他の欠落/古いライブラリなど、重大な問題がある場合は、システム管理者に相談することをお勧めします。

于 2013-11-13T01:13:46.400 に答える