python-2.7 - シーケンス内の最大 k-mer を見つける方法

Question

サンプル入力:

ACGTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCT # これは検索するシーケンスです

 4 # this is the k-mer(integer value)

サンプル出力:

CATG GCAT

これを行う方法がわかりません。私を助けてください。前もって感謝します。

Answer 1

私があなたの質問を正しく理解していれば、リストを操作する 1 つの方法を次に示します。

s="ACGTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCT"
n=4
k=len(s)-2*n
klist = []
for i in range(k):
    kmer=s[i:i+n]
    if not(kmer in klist) and (kmer in s[i+n:]):
        klist.append(kmer)
print klist

私が誤解していない限り、あなたの例には予想よりもいくつかの kmers があったようです:

['TGCA', 'GCAT', 'CATG', 'ATGA']

の場合n = 5:

['TGCAT', 'GCATG', 'CATGA']

そして、次の場合でもn = 6:

['TGCATG', 'GCATGA']