FASTA ファイル シーケンスをシーケンスごとに読み取る一種のストリーム クラスを作成しました。
インターフェース:
class Sequence_stream{
public:
Sequence_stream(const char* Filename, std::string Format); // Constructor.
NucleotideSequence get(); // Get a sequence from file.
private:
std::string FileName;
std::ifstream FileStream;
std::string FileFormat;
};
実装:
Sequence_stream::Sequence_stream(const char* Filename, std::string Format)
{
FileName = Filename;
FileStream.open(FileName);
FileFormat = Format;
std::cout << "Filestream is open: " << FileStream.is_open() << std::endl;
}
NucleotideSequence Sequence_stream::get()
{
if(FileFormat=="fasta")
{
if (FileStream.is_open())
{
char currentchar;
std::string name;
std::vector<Nucleotide> sequence;
currentchar = FileStream.get();
if (currentchar == '>') { // Check that the start of the first line is the fasta head character.
currentchar = FileStream.get(); // Proceed to get the full name of the sequence. Get characters until the newline character.
while(currentchar != '\n')
{
name.append(currentchar);
currentchar = FileStream.get();
} // done getting names, now let's get the sequence.
currentchar = FileStream.get();
while(currentchar != '>')
{
if(currentchar != '\n'){
sequence.push_back(Nucleotide(currentchar));
}
currentchar = FileStream.get();
}
if(currentchar == '>')
{
FileStream.unget();
}
return NucleotideSequence(name, sequence);
} else {
std::cout << "The first line of the file was not a fasta format description line beginning with '>'. Are you sure the file is of FASTA format?" << std::endl;
return;
}
} else {
std::cout << "The filestream is not open" << endl;
}
return NucleotideSequence(name, sequence);
}
}
get メソッドに問題があります。シーケンスを文字ごとに読み取り、それを name という名前の文字列に追加しようとしていますが、コンパイルすると、定数文字ではないと不平を言います:
/local/yrq12edu/Dropbox/libHybRIDS/HybRIDS_Sequences.cpp|75|エラー: 'char' から 'const char*' への無効な変換 [-fpermissive]|
ただし、変数 currentchar は、ループ中に新しい文字がフェッチされるときに変更されるため、定数にすることはできません。これを行うにはどうすればよいでしょうか? 現在の char を char ではなく const char* にすることを考えましたが、コードで文字値を取得しようとすると、読み取り専用エラーが大量に発生します。
NucleotideSequence Sequence_stream::get()
{
if(FileFormat=="fasta")
{
if (FileStream.is_open())
{
const char* currentchar;
std::string name;
std::vector<Nucleotide> sequence;
*currentchar = FileStream.get();
if (*currentchar == '>') { // Check that the start of the first line is the fasta head character.
*currentchar = FileStream.get(); // Proceed to get the full name of the sequence. Get characters until the newline character.
while(*currentchar != '\n')
{
name.append(currentchar);
*currentchar = FileStream.get();
} // done getting names, now let's get the sequence.
*currentchar = FileStream.get();
while(*currentchar != '>')
{
if(*currentchar != '\n'){
sequence.push_back(Nucleotide(*currentchar));
}
*currentchar = FileStream.get();
}
if(*currentchar == '>')
{
FileStream.unget();
}
return NucleotideSequence(name, sequence);
} else {
std::cout << "The first line of the file was not a fasta format description line beginning with '>'. Are you sure the file is of FASTA format?" << std::endl;
return;
}
} else {
std::cout << "The filestream is not open" << endl;
}
return NucleotideSequence(name, sequence);
}
}
これについてどうすればよいですか?currentchar の値を一時的な定数に割り当ててから、それを追加することを考えましたか?
ありがとう、ベン。