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FASTA ファイル シーケンスをシーケンスごとに読み取る一種のストリーム クラスを作成しました。

インターフェース:

class Sequence_stream{
    public:
        Sequence_stream(const char* Filename, std::string Format); // Constructor.
        NucleotideSequence get();    // Get a sequence from file.
    private:
        std::string FileName;
        std::ifstream FileStream;
        std::string FileFormat;
};

実装:

Sequence_stream::Sequence_stream(const char* Filename, std::string Format)
{
    FileName = Filename;
    FileStream.open(FileName);
    FileFormat = Format;
    std::cout << "Filestream is open: " << FileStream.is_open() << std::endl;
}

NucleotideSequence Sequence_stream::get()
{
    if(FileFormat=="fasta")
    {
        if (FileStream.is_open())
        {
            char currentchar;
            std::string name;
            std::vector<Nucleotide> sequence;
            currentchar = FileStream.get();
            if (currentchar == '>') {  // Check that the start of the first line is the fasta head character.
                currentchar = FileStream.get(); // Proceed to get the full name of the sequence. Get characters until the newline character.
                while(currentchar != '\n')
                {
                    name.append(currentchar);
                    currentchar = FileStream.get();
                } // done getting names, now let's get the sequence.
                currentchar = FileStream.get();
                while(currentchar != '>')
                {
                    if(currentchar != '\n'){
                        sequence.push_back(Nucleotide(currentchar));
                    }
                    currentchar = FileStream.get();
                }
                if(currentchar == '>')
                {
                    FileStream.unget();
                }
                return NucleotideSequence(name, sequence);
            } else {
                std::cout << "The first line of the file was not a fasta format description line beginning with '>'. Are you sure the file is of FASTA format?" << std::endl;
                return;
            }

        } else {
            std::cout << "The filestream is not open" << endl;
        }
        return NucleotideSequence(name, sequence);
    }
}

get メソッドに問題があります。シーケンスを文字ごとに読み取り、それを name という名前の文字列に追加しようとしていますが、コンパイルすると、定数文字ではないと不平を言います:

/local/yrq12edu/Dropbox/libHybRIDS/HybRIDS_Sequences.cpp|75|エラー: 'char' から 'const char*' への無効な変換 [-fpermissive]|

ただし、変数 currentchar は、ループ中に新しい文字がフェッチされるときに変更されるため、定数にすることはできません。これを行うにはどうすればよいでしょうか? 現在の char を char ではなく const char* にすることを考えましたが、コードで文字値を取得しようとすると、読み取り専用エラーが大量に発生します。

NucleotideSequence Sequence_stream::get()
{
    if(FileFormat=="fasta")
    {
        if (FileStream.is_open())
        {
            const char* currentchar;
            std::string name;
            std::vector<Nucleotide> sequence;
            *currentchar = FileStream.get();
            if (*currentchar == '>') {  // Check that the start of the first line is the fasta head character.
                *currentchar = FileStream.get(); // Proceed to get the full name of the sequence. Get characters until the newline character.
                while(*currentchar != '\n')
                {
                    name.append(currentchar);
                    *currentchar = FileStream.get();
                } // done getting names, now let's get the sequence.
                *currentchar = FileStream.get();
                while(*currentchar != '>')
                {
                    if(*currentchar != '\n'){
                        sequence.push_back(Nucleotide(*currentchar));
                    }
                    *currentchar = FileStream.get();
                }
                if(*currentchar == '>')
                {
                    FileStream.unget();
                }
                return NucleotideSequence(name, sequence);
            } else {
                std::cout << "The first line of the file was not a fasta format description line beginning with '>'. Are you sure the file is of FASTA format?" << std::endl;
                return;
            }

        } else {
            std::cout << "The filestream is not open" << endl;
        }
        return NucleotideSequence(name, sequence);
    }
}

これについてどうすればよいですか?currentchar の値を一時的な定数に割り当ててから、それを追加することを考えましたか?

ありがとう、ベン。

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