#mainNavigation div 内に data-val="-1" の属性を持つ li があるかどうかを調べるために jQuery を使用しています。jQuery では問題なく動作しますが、JavaScript でも同じことを行う必要があります。私が理解できないのは、jQuery でセレクターを使用して行われた方法をドリルダウンする方法です。
if($('#mainNavigation ul li ul li[data-val="-1"]')){
$("#mainNavigation").css("padding-left" , "10px");
};
<div id="mainNavigation">
<ul>
<li>
<ul>
<li data-val="-1">Title</li>
</ul>
</li>
</ul>
</div>