ペアワイズ グローバル アラインメントを実行する EMBOSSwin の needle() コマンド ライン関数を使用していますが、奇妙な警告が表示されます。
したがって、アラインメントが必要なアミノ酸配列のペアが 24 あります。「subprocess.call()」を使用して Python から needle() コマンドを実行します。このプロセスが発生している間 (一見スムーズに)、次の警告が表示されます。
Warning: Sequence character string not found in ajSeqCvtKS
追加の手がかり:
この奇妙な警告にもかかわらず...ご覧のとおり、アラインメントはneedle()によって.fasta形式で正常に生成されます...
...しかし...これらのアライメントをPythonに読み戻そうとすると、説明のつかない「AssertionErrors」が発生します-biopythonのAlignIO.read()関数を使用します(直接関連する私の質問については、http ://bit.ly/1aHK9w7を参照してください)このAssertionError )...
*明確にするために: これらの AlignIO() AssertionErrors は、needle() 警告に関連していない可能性がありますが、私はこの警告を調査の主要な手がかりとして扱っています...!