Flake8 のpre-commitgit フックは、flake8: error: input not specifiedgit commit を実行するたびに発生します。
フックファイルは公式の例と同じです:
#!/usr/bin/python
import sys
from flake8.run import git_hook
COMPLEXITY = 10
STRICT = False
if __name__ == '__main__':
sys.exit(git_hook(complexity=COMPLEXITY, strict=STRICT, ignore='E501'))