FirefoxにはSandboxとevalInSandbox()があります。Chromeは、コンテンツスクリプトで実行をサンドボックス化しています(分離実行と呼ばれています)。IEブラウザ拡張機能で同じものを探しています。
javascriptファイルをロードしてからevalScript()を呼び出すことはできますが、コードはページに存在するjavascriptと同じ環境で実行されます。サンドボックス化/分離された環境でライブラリ(jQueryを含み、jQueryに基づく)を実行する方法が必要ですが、それでも、ページ上で実行されているかのようにDOMを変更できます。
Jintは有望に見えますが、現在jQueryを評価することはできません。(彼らはそれを解析することができます。)
これどうやってするの?