このQ&Aによると：
https://developer.apple.com/library/ios/qa/qa1779/_index.html
アプリの更新は、Apple によって作成され、変更されたファイルまたは新しいファイルのみを含むパッケージです。ユーザーがアプリを更新すると、新しいファイルのみが取得されます。
アプリのメジャー アップデートを行ったので、すべてのファイルを置き換えて「新たなスタート」を切りたいと考えています。
アイデアをありがとう！
クリス
編集:最終的に、私がやりたかったことは、アプリの新しいバージョンにハウスキーピングの問題として実行させることなく、アプリ独自の標準ユーザーのデフォルトを削除することだったと思います。これで、更新が実際にどのように機能するかがわかりました。