PHP 5.5 用の私の xDebug v2.2.3 は、コントローラー、モデル、ビューなどの Phalcon ネイティブ コードの背後にあるソース コードを完全に無視します。そこから呼び出されるブートストラップファイルとメソッドのみが利用可能です。
php.ini での xDebug 構成は次のとおりです。
[XDebug]
zend_extension = "C:\xampp\php\ext\php_xdebug.dll"
xdebug.profiler_append = 0
xdebug.profiler_enable = 1
xdebug.profiler_enable_trigger = 0
xdebug.profiler_output_dir = "C:\xampp\tmp"
xdebug.profiler_output_name = "cachegrind.out.%t-%s"
xdebug.remote_enable = 0
xdebug.remote_handler = "dbgp"
xdebug.remote_host = "127.0.0.1"
xdebug.trace_output_dir = "C:\xampp\tmp"