r - heatmap() 関数 R のクラスターの特定のメンバーの名前を取得する

Question

R で 'heatmap()' 関数を使用してヒート マップを生成したら、特定のクラスターのメンバーに注目して抽出する方法はありますか?

4500 x 420 のメンバーのヒート マップがあり、便利です。

ありがとう。

Answer 1

を指定すると、とkeep.dendro = TRUEのリスト要素の下でデータが利用可能になるはずです。RowvColv

これは、 を少し変更した例です?heatmap。

require(graphics); require(grDevices)
x  <- as.matrix(mtcars)
rc <- rainbow(nrow(x), start = 0, end = .3)
cc <- rainbow(ncol(x), start = 0, end = .3)
hv <- heatmap(x, col = cm.colors(256), scale = "column",
              RowSideColors = rc, ColSideColors = cc, margins = c(5,10),
              xlab = "specification variables", ylab =  "Car Models",
              main = "heatmap(<Mtcars data>, ..., scale = \"column\")",
              keep.dendro = TRUE)

hv$Rowv
'dendrogram' with 2 branches and 32 members total, at height 425.3447 

編集

グループのメンバーが必要な場合は、最初に木を切る必要があります。

cutree(as.hclust(hv$Rowv), h = 200)

          Mazda RX4       Mazda RX4 Wag          Datsun 710      Hornet 4 Drive   Hornet Sportabout             Valiant 
                  1                   1                   1                   2                   3                   2 
         Duster 360           Merc 240D            Merc 230            Merc 280           Merc 280C          Merc 450SE 
                  3                   1                   1                   1                   1                   2 
         Merc 450SL         Merc 450SLC  Cadillac Fleetwood Lincoln Continental   Chrysler Imperial            Fiat 128 
                  2                   2                   3                   3                   3                   1 
        Honda Civic      Toyota Corolla       Toyota Corona    Dodge Challenger         AMC Javelin          Camaro Z28 
                  1                   1                   1                   2                   2                   3 
   Pontiac Firebird           Fiat X1-9       Porsche 914-2        Lotus Europa      Ford Pantera L        Ferrari Dino 
                  3                   1                   1                   1                   3                   1 
      Maserati Bora          Volvo 142E 
                  4                   1