純粋な PHP RSA ライブラリである phpseclib は、その形式の RSA キーで問題なく動作します。
そうは言っても、openssl に関しては、あなたの言うとおりです。ほとんどの openssl_* 関数で動作するには、RSA 公開鍵を X.509 証明書にカプセル化する必要があります。
phpseclib相互運用性ドキュメントから:
// openssl_get_publickey() only creates public key resources from X.509
// certificates hence our creating one
$dn = array(); // use defaults
$res_privkey = openssl_pkey_get_private($privkey);
$res_csr = openssl_csr_new($dn, $res_privkey);
$res_cert = openssl_csr_sign($res_csr, null, $res_privkey, 365);
openssl_x509_export($res_cert, $str_cert);
$res_pubkey = openssl_get_publickey($str_cert);
つまり、結果は投稿したものではなく、次のようになるはずです。
-----BEGIN CERTIFICATE-----
...
-----END CERTIFICATE-----