python - pymolのデカルト座標から色付きの球を描画します

Question

ビーズ、デカルト座標+エネルギーに関する次の情報を変換する方法をウィキで探していました：

23.4 54.6 12.3 -123.5 54.5 23.1 9.45-56.7......。

虹のグラデーションで、各原子の座標を中心とし、色の付いた半径Rの球を含むpymolの描画に。

ありがとう

Answer 1

あなたがレンダリングしているものは実際に分子構造と関係がありますか（つまり、PyMolを使用する動機は何ですか）？

分子構造を描画する場合は、球座標を含むカスタムPDBファイルを出力することをお勧めします（PyMolで原子ごとの色を制御する方法として、ATOM行ごとのBファクターフィールドを使用できます）。

分子構造を描画していない場合は、PyMolのCGOインターフェイスを使用することをお勧めします。

PyMolのドキュメントから：

CGO球は、SPHEREコマンドによって生成されます。

球、x、y、z、d

ここで、x、y、zは球の中心の座標であり、dは球の直径です。COLORコマンドを使用して球の色を設定する方法に注意してください。LINESと同様に、次に描画する球の色が変わったときにのみCOLORコマンドが必要です。

簡単な例：

from pymol.cgo import *
from pymol import cmd

spherelist = [
   COLOR,    0.100,    1.000,    0.000,
   SPHERE,   30.304,   30.407,   30.531,0.30,
   COLOR,    1.000,    0.000,    0.000,
   SPHERE,   30.250,   30.250,   30.250,0.20,
    ]

cmd.load_cgo(spherelist, 'segment',   1)