私が使用しているクラスターのリソース制限のため、bash で for ループを使用して大量のジョブを送信しました。次のコマンドの前に、pbs のすべてのジョブが完了するのを待ちたいです。ここのリンクは私の問題を解決するようです qsubジョブのセットが完了するのを待ち ますが、実行する次のジョブスクリプトがなく、いくつかの簡単なbashコマンドがある場合、-cwdの後に何を置くべきかまだ混乱しています
pbs タスクを送信するための for ループは次のとおりです。
for i in `seq 1 10`; do
if [ "$i"==10 ]; then
EndLine=$((SeqNum*2))
fi
EndLine=$((StartLine-1+(EachFile+1)*2));
NewFile='StHeBC2-'$i'.fasta'
sed -n "$StartLine,$EndLine p" StHeBC2.fasta > $NewFile
StartLine=$((EndLine+1))
JobFile='StHeBC2-'$i'.sh'
echo "
#!/bin/bash
#PBS -l ncpus=8
#PBS -l mem=8GB
#PBS -l nodes=4
#PBS -l walltime=120:00:00
#PBS -m bea
#PBS -W umask=33
cd $PBS_O_WORKDIR
TransDecoder -t $NewFile -m 15 --search_pfam Pfam-A.hmm --API --CPU 8
" > $JobFile
qsub $JobFile
done
すべての JobFiles が pbs で実行された後、いくつかの基本的なコマンド cat/cut などを使用して TransDecoder の出力を要約したいと思います。
cat test-*.fasta.transdecoder.pep > test.fasta.transdecoder.pep
誰でも助けることができますか?ありがとうございました