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パッケージを使用してヒートマップを作成しようとしていheatmap.2ます。私のデータには多くのNaN値が含まれています。私がやりたいことは次のとおりです。値があるたびにNaN、セルを明るい灰色（または他の中間色、おそらく白）で色付けし、他のすべての値（log2式）を標準の緑/黄/赤の配色スキームにするだけです. これが私が使用している私のコードです：

heatmap.2(as.matrix(foo2[rowSums (abs(foo2)) != 0,]),
          col = redgreen,
          margins = c(12, 22),
          trace = "none", 
          xlab = "Comparison",
          lhei = c(2, 8),
          scale = c("none"),
          symbreaks = min(foo2 = 0, na.rm = TRUE),
          na.color = "blue",
          cexRow = 0.5,
          cexCol = .7,
          main = "DE geness",
          Colv = F)

NaNこれは、値がない場合はうまく機能しますが、データに がある場合、次のNaNようなエラーが表示されます。

Error in hclustfun(distfun(x)) : 
  NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11)

基本的に、データ内の を無視したいと思いNaNます。これを処理する方法がわかりません。どんな助けでも大歓迎です。

4

5 に答える 5

12

TL;DR:この問題は、関数自体distfunではなく、デリゲートが原因である可能性があります。heatmap2デフォルトのdist関数はデータ ポイント間の距離を計算しようとします。距離の計算で NA が返された場合、クラスタリング関数はそれを処理できません。

より長いバージョン:

私は最近、OP と同じ問題を経験しており、他の人が問題を再現できない理由を理解するために、かなり掘り下げなければなりませんでした。

重要な問題は次のとおりです。heatmap2 は、デフォルトhclustで andhclustfunとパラメータdistとして渡されdistfunます。エラーメッセージは、hclustfuns .hclustNA

次の情報は次のとおりです。データマトリックスにNAs が含まれていてもdist( に渡されるhclust) の結果には NA がない可能性があります。これは @kdauria の回答の場合です。下記参照：

> library(gplots)
> mat = matrix( rnorm(25), 5, 5)
> mat[c(1,6,8,11,15,20,22,24)] = NaN
> 
> heatmap.2( mat,
+            col = colorpanel(100,"red","yellow","green"),
+            margins = c(12, 22),
+            trace = "none", 
+            xlab = "Comparison",
+            lhei = c(2, 8),
+            scale = c("none"),
+            symbreaks = min(mat, na.rm=TRUE),
+            na.color="blue",
+            cexRow = 0.5, cexCol = 0.7,
+            main = "DE genes", 
+            dendrogram = "row", 
+            Colv = FALSE )
> ?dist
> mat
           [,1]       [,2]        [,3]        [,4]       [,5]
[1,]        NaN        NaN         NaN -1.10103187 -1.4396185
[2,] -0.8821449  1.4891180  0.41956063 -0.06442867        NaN
[3,] -2.5912928        NaN -0.56603029 -0.55177559 -2.0313602
[4,]  0.8348197  0.2199583  0.06318663  1.59697764        NaN
[5,] -0.2632078 -1.2193110         NaN         NaN  0.8618543
> dist(mat)
         1        2        3        4
2 2.317915                           
3 1.276559 2.623637                  
4 6.032933 3.050821 5.283828         
5 5.146250 4.392798 5.871684 2.862324

ランダム値の行列は、目前の問題を回避するため、問題を再現しません。これは私に質問をもたらします:から NA を取得するには何が必要distですか?

私のデータには、理由であると思われる非常に大きな値がいくつかありましたが、NAの行を追加することによってのみ問題を再現できました。

> mat = matrix(rnorm(49), 7, 7)
> mat[c(3,17,28, 41)] = mat[c(3,17,28, 41)] * 100000
> mat
              [,1]        [,2]          [,3]          [,4]        [,5]          [,6]       [,7]
[1,] -6.175928e-01  1.68691561 -1.233250e+00 -7.355322e-01 -0.37392178  3.559804e-01  1.7536137
[2,]  6.680429e-01  0.90590237 -1.375424e+00  5.842512e-01 -0.09376548 -3.556098e-01 -1.2926535
[3,] -3.739372e+04 -1.74534887 -2.241643e+05 -2.209226e-01 -0.86769435 -4.590908e-01  1.6306854
[4,] -1.283405e+00  0.20698245  3.635557e-01  3.673208e-01 -0.12339047  1.119922e+00  0.4301094
[5,] -5.430687e-02 -0.75219479  2.609126e+00 -1.340564e-01  0.54016622  2.885021e-01  0.9237946
[6,] -8.395116e-01  0.03675002  2.455545e+00  4.432025e-02 -0.86194910  1.302758e+05  0.6062505
[7,]  1.817036e-01 -1.46137388 -1.853179e+00 -2.177306e+03  2.36763806 -2.273134e+00  1.2440088
> dist(mat)
             1            2            3            4            5            6
2 3.726858e+00                                                                 
3 2.272605e+05 2.272606e+05                                                    
4 2.966078e+00 3.537475e+00 2.272620e+05                                       
5 4.787577e+00 5.039154e+00 2.272644e+05 3.016614e+00                          
6 1.302754e+05 1.302762e+05 2.619559e+05 1.302747e+05 1.302755e+05             
7 2.176576e+03 2.177895e+03 2.272705e+05 2.177679e+03 2.177179e+03 1.302963e+05
> mat = rbind(mat[1:4, ], rep(NA,7), mat[5:6, ])
> mat
              [,1]        [,2]          [,3]        [,4]        [,5]          [,6]       [,7]
[1,] -6.175928e-01  1.68691561 -1.233250e+00 -0.73553223 -0.37392178  3.559804e-01  1.7536137
[2,]  6.680429e-01  0.90590237 -1.375424e+00  0.58425125 -0.09376548 -3.556098e-01 -1.2926535
[3,] -3.739372e+04 -1.74534887 -2.241643e+05 -0.22092261 -0.86769435 -4.590908e-01  1.6306854
[4,] -1.283405e+00  0.20698245  3.635557e-01  0.36732078 -0.12339047  1.119922e+00  0.4301094
[5,]            NA          NA            NA          NA          NA            NA         NA
[6,] -5.430687e-02 -0.75219479  2.609126e+00 -0.13405635  0.54016622  2.885021e-01  0.9237946
[7,] -8.395116e-01  0.03675002  2.455545e+00  0.04432025 -0.86194910  1.302758e+05  0.6062505
> dist(mat)
             1            2            3            4            5            6
2 3.726858e+00                                                                 
3 2.272605e+05 2.272606e+05                                                    
4 2.966078e+00 3.537475e+00 2.272620e+05                                       
5           NA           NA           NA           NA                          
6 4.787577e+00 5.039154e+00 2.272644e+05 3.016614e+00           NA             
7 1.302754e+05 1.302762e+05 2.619559e+05 1.302747e+05           NA 1.302755e+05
> heatmap.2( mat,
+            col = colorpanel(100,"red","yellow","green"),
+            margins = c(12, 22),
+            trace = "none", 
+            xlab = "Comparison",
+            lhei = c(2, 8),
+            scale = c("none"),
+            symbreaks = min(mat, na.rm=TRUE),
+            na.color="blue",
+            cexRow = 0.5, cexCol = 0.7,
+            main = "DE genes", 
+            dendrogram = "row", 
+            Colv = FALSE )
Error in hclustfun(distfun(x)) : 
  NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11)

ただし、状況は、完全に NA で構成される行がある場合に固有のものではないようです。例えば：

> mat
              [,1]        [,2]          [,3]       [,4]       [,5]          [,6]       [,7]
[1,]           NaN         NaN           NaN        NaN         NA -7.531027e-01  0.2238252
[2,]  3.210084e-01 -1.55702840  2.777516e-01  0.2176875  1.3310334 -9.621561e-01        NaN
[3,]  1.159837e+05  0.04480172 -1.649482e+04        NaN  2.4748122  8.446133e-01 -0.4240776
[4,] -8.584051e-01         NaN           NaN  1.0557713 -1.0855826 -5.638023e-02 -0.3789979
[5,]            NA          NA -2.539003e-01 -0.4552776  0.3856384            NA         NA
[6,]           NaN  1.31986556           NaN -1.0393147 -1.9197183 -1.434064e+00  0.6334569
[7,]           NaN -0.42180912           NaN -0.8023476 -0.8264077  4.471358e+04  0.5046408
> dist(mat)
             1            2            3            4            5            6
2 5.531033e-01                                                                 
3 3.225471e+00 1.386143e+05                                                    
4 1.723619e+00 3.913983e+00 1.534332e+05                                       
5           NA 1.949799e+00 3.085851e+04 3.945524e+00                          
6 1.486699e+00 6.010961e+00 6.905415e+00 3.743585e+00 4.449179e+00             
7 8.365286e+04 5.915178e+04 5.914939e+04 5.915058e+04 2.358664e+00 5.290752e+04
于 2015-03-05T13:08:09.583 に答える
-1

問題を再現できません。以下のコードは問題なく動作します。NaN 値はすべて青色で表示されます。

library(gplots)
mat = matrix( rnorm(25), 5, 5)
mat[c(1,6,8,11,15,20,22,24)] = NaN

heatmap.2( mat,
           col = colorpanel(100,"red","yellow","green"),
           margins = c(12, 22),
           trace = "none", 
           xlab = "Comparison",
           lhei = c(2, 8),
           scale = c("none"),
           symbreaks = min(mat, na.rm=TRUE),
           na.color="blue",
           cexRow = 0.5, cexCol = 0.7,
           main = "DE genes", 
           dendrogram = "row", 
           Colv = FALSE )

ここに画像の説明を入力

于 2013-12-31T15:55:50.333 に答える