0

Pythonを使用してSVM（サポートベクターマシン）に取り組んでいます。

私の入力はpdbファイルです。データセットが取得された多くの例を見てきました。しかし、私の場合、タンパク質 (.pdb ファイル) の 3 次元構造を解析したいと考えています。

pdb から svm を取得するにはどうすればよいですか?

4

1 に答える 1

0

SVMa は数値を扱うように設計されています。タンパク質の 3D 構造は、そのようなものとはほど遠いものです。可能なオプションはいくつかあります。

  • ある種の固定長の数値表現を作成します。これは化学情報学ではフィンガーピントと呼ばれ、数十の既存の方法が含まれています。クレコタFP; PubChemFP、subFPなど
  • そのような構造（ラベル付きグラフなど）用に開発されたカスタムカーネルを使用します。そのようなカーネルの1つは、化学情報学用のグラフカーネルです。chemcppに含まれるもの
于 2014-01-06T09:25:57.807 に答える