複数のノードを持つコンピューティング センターで条件付きロジスティック回帰を実行して、9 億 6900 万行の大きなデータセットを評価しようとしています。ただし、ジョブが最大容量のノードの最大メモリ 90 GB を超えているため、計算はキャンセルされます。
Rパッケージ「Rmpi」を使えば、複数ノードでの計算が可能になると聞きました。
次のコードを使用して、条件付きロジット回帰を実行しています。
library(survival)
All <- read.table("/scratch/rvonscha/all.txt", header=TRUE, sep=";", na.strings="NA", dec=",", strip.white=TRUE)
attach(All)
model <- clogit(Alliance ~ OVB + BVB + CVC + EarlyStage + AvgVCSize +NumberVC + strata(Strata))
summary(model)
この計算に Rmpi を使用することは可能ですか? はいの場合、どのようにコードに実装できますか?
この問題を解決するための助けをいただければ幸いです。
事前にどうもありがとうございました。