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PyCogent を使用して EnsEMBl のデータベースにクエリを実行するとエラーが発生します。このバグは、EnsEMBL または PyCogent の更新が原因で発生する可能性がありますか?

PyCogent Cookbook のQuerying Ensembl doc ページ (「Selecting Gene's」セクション)のコードを再現しようとすると、 「ProgrammingError」が発生します。

ここに画像の説明を入力

失敗したクックブック コードは次のとおりです(エラーが発生した行を示します)。

#!/usr/bin/python
import os

#----------------------------------------------------------
# Interrogating a Genome
#----------------------------------------------------------
from cogent.db.ensembl import HostAccount, Genome
human = Genome(Species='human', Release=Release, account=account)

#----------------------------------------------------------
# Selecting Genes
#----------------------------------------------------------
brca1 = human.getGeneByStableId(StableId='ENSG00000012048') #<--- ERRORS OUT HERE
print brca1.Description

エラーは次のとおりです。

ProgrammingError: (ProgrammingError) (1146, "Table 'homo_sapiens_variation_74_37.flanking_sequence' doesn't exist") 'DESCRIBE flanking_sequence' ()

追加情報:

  • パイソン 2.7.3
  • PyCogent 1.5.1-2
  • Ubuntu 12.04
  • Ensmbl リリース 74
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このエラーは、Ensembl がリリース 70 以降で flanking_seq データベースを削除したために発生します。この問題は、PyCogent github リポジトリで修正されました。

于 2014-12-01T02:07:25.680 に答える