フラッシュを使用すると、キャプチャされた写真が完全に暗くなることが半分あります - iOSカメラアプリはこのように失火しません.
上記の gpuimage コードは https://github.com/BradLarson/GPUImage/blob/master/framework/Source/GPUImageStillCamera.mにあります。
-(void)capturePhotoProcessedUpToFilter:(GPUImageOutput<GPUImageInput> *)finalFilterInChain withImageOnGPUHandler:(void (^)(NSError *error))block