ネットワーク上の自分のデータの関係を確認したいのですが、そのためにqgraph パッケージを使用しました。自分のデータ、combined.dataが使用されます。入力として渡したデータの相関には、多くの NA 値があります。ネットワークプロットを取得するために使用したコマンドは
qgraph(cor(combined.data, method="spearman"),layout="spring", groups=gr, labels=nm,
label.scale=FALSE, label.cex=1)
# I chose spearman because the data variables are on ordinal scale
grはグループのリスト、nmはノードのタグ/ラベルを含むベクトルです。コマンドは正常に実行されますが、警告が表示されます
Warning message:
In qgraph(cor(combined.data, method = "spearman"), layout = "spring", :
Non-finite weights are omitted
ネットワークには多くの空のエッジ (非有限の重み) があり、非有限の重みを持つノードを削除したいと考えています。最小引数と最大引数を設定しようとしましたが、それでも冗長ノードが表示されます。これを達成する方法についての提案は大歓迎です。