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次のようにトルク pbs ファイル " testpbs " を作成します。

#!/bin/sh
#PBS -N T1272_flt
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -o /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.out
#PBS -e /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.err  

sleep  20

次に、ファイル testbps を送信しました。

qsub testpbs

エラーメッセージが表示されました:

もっとtestpbs.sh.err

/var/spool/torque/mom_priv/jobs/8.centos64.SC: 9 行目: スリープ: コマンドが見つかりません

ただし、コマンド ラインでsleep 20を実行しました。エラーは発生しません。

$睡眠 20

前もって感謝します。

シェルでecho $PATHを実行したところ、次の結果が得られました。

エコー $PATH

/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/ sbin:/usr/bin:/usr/X11R6/bin:/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.9.x86_64/bin:/data/software/cufflinks-2.0.2.Linux_x86_64: /home/amin/bin/blast-2.2.19:/root/bin:/home/amin/bin

qstat -f jobidを使用して、このジョブの詳細を確認します。

PBS_O_LOGNAME=アミン、

PBS_O_PATH= /usr/lib64/qt-3.3/bin: /usr/local/sbin : /usr/local/bin : /sbin: /bin : /usr/sbin: /usr/bin : /sbin:/bin: / usr/sbin: /usr/bin: /usr/X11R6/bin: /usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.9.x86_64/bin: /data/software/cufflinks-2.0.2. Linux_x86_64: /home/amin/bin/blast-2.2.19: /root/bin: /home/aimin/bin,

PBS_O_MAIL=/var/spool/mail/root,

PBS_O_SHELL=/ビン/バッシュ、

PBS_O_LANG=en_US.UTF-8,

PBS_O_WORKDIR=/data/software/torque-4.2.6.1,

PBS_O_HOST=centos64,

PBS_O_SERVER=centos64

ラースクの大きな助けに感謝します。以下の作品：

#!/bin/sh
#PBS -N T1272_flt
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -o /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.out
#PBS -e /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.err  

export PATH=$PBS_O_PATH
sleep  20
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sleepコマンドへのフルパス (おそらく) に置き換えてみて/usr/bin/sleep、動作が変わるかどうかを確認してください。もしそうなら、あなたのスクリプトは Torque の下で実行されると、単に別の (または空の)$PATH変数を持ちます。

(a) 明示的なパスを引き続き使用するか、(b)$PATHスクリプトで明示的に設定することができます。

PATH=/bin:/usr/bin:/usr/local/bin
于 2014-01-21T03:15:08.833 に答える