SQL データを書き込んでいる C コードにアクセスできる場合は、コールバックを実装できます。
http://www.sqlite.org/c3ref/update_hook.html
次に、コールバック関数で、変更されているテーブルが R コードで重要な場合、ファイルのタイムスタンプを更新できます。次に、R コードはそのファイルのタイムスタンプをチェックし、変更された場合にのみ、SQLite データベースにクエリを実行する必要があります。
Rが保持するSQLite接続にコールバックを追加して、別のSQLite接続/プロセスがデータベーステーブルを変更した場合にコールバックを取得できるかどうかはわかりません。コールバックは、登録されている接続が更新された場合にのみトリガーされると思います。そうしないと、あらゆる種類の非同期のことが発生し、イベントハンドラーがないためです。
もう 1 つのアイデアは、トリガーを使用して変更時間のデータベース テーブルを更新することです。関心のあるすべてのテーブルでトリガーを定義して、「最後に変更された」テーブルの行を更新します。次に、ファイルの変更時刻を使用してデータベースへの変更を確認すると、R は「最後に変更された」テーブルをクエリして、最後のチェック以降に変更された特定のテーブルを確認するだけで済みます。