1

こんにちは皆さん、私はこのようなファイルをたくさん（200ほど）持っています

>Sample_NameA
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
>Sample_NameB
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT

サンプル数、文字数 (A、C、G、T)、および数字の 1 で構成されるすべてのファイルにヘッダーを追加する必要があります。

たとえば、この最初のファイルは次のようになります。

2 441 1
>Sample_NameA
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
>Sample_NameB
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT

最初の grep ">" を使用してサンプル数をカウントすることを考えていました。これは、すべてのサンプル名の前にそれが続くため、wc を使用して別の > までの文字数をカウントするためですが、管理できませんでした。すぐに、これまでに持っているスクリプトをアップロードしますが、誰かがジェットを解決した場合は、本当に感謝しています。

ありがとうIDアドバンス。

4

4 に答える 4

2

この awk は、これらすべてを 1 つのコマンドで実行できます。

awk '{if (d) d=d RS $0; else d=$0}
      />/{s++;next}
      s==1 && /[ACGT]/{gsub(/[^ACGT]+/, ""); n+=length($0)}
      END{print s, n, "1" RS d}' file
2 441 1
>Sample_NameA
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
>Sample_NameB
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
ACGTGTCTAGTATGCATGCATAGCTACGACTACGACTAGCATCAGCATCGACTAGCATCGACT
于 2014-02-05T18:49:02.613 に答える
0

@anubhava の功績により、ファイル全体をメモリに保持しない方法を次に示します。

ed file <<END
1i
$(awk '/^>/ {s++; next} s==1 {l+=length()} END {print s,l,1}' file)
.
w
q
END
于 2014-02-05T19:38:52.077 に答える