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ディレクトリ /tmp は、Systemd サービスとして実行されている PHP-FPM からアクセスできません。
再現する手順:
<?php print_r(shell_exec('ls /tmp')); ?>
これは、パッケージのメンテナーによって設定されたデフォルトの動作です。/usr/lib/systemd/system/php-fpm.service に PrivateTmp=true があるためです。
変更したい場合は、次の内容で /etc/systemd/system/php-fpm.service.d/private-tmp.conf を作成できます。
[サービス] PrivateTmp=false