率直に言って、骨の折れる仕事だと思います...数日、場合によっては数週間（リソースにもよりますが）続きますが、コードは次のとおりです（私は些細なことをするのが好きです）：
# get names of installed packages
packs <- installed.packages()
exc <- names(packs[,'Package'])
# get available package names
av <- names(available.packages()[,1])
# create loooong string
ins <- av[!av %in% exc]
install.packages(ins)
なぜあなたがこれをやっているのかはまだわかりませんが、ちょっと...いくつかのことは意図されていないだけです....私が最も驚いているのは、あなたがすでにあなた自身の質問に答えているという事実です! あなたは必要なものを手に入れました、そして物事をまとめるのはあなた次第です... 私たちは要点を逃していますか? 何か他に思い当たることはありませんでしたか?!?
1) なぜそれをしたいのですか? その数は3500 を超えています (2012 年 2 月現在)。
2) CRAN タスク ビューと、特定のタスクからパッケージをインストールできるようにするctvパッケージを見ましたか?
3) 太字の質問は、手動で実行できる単純なインデックス クエリです (さらに、 も参照してくださいhelp(sets)) 。
R> available <- LETTERS # a simple set
R> installed <- LETTERS[c(1:10, 15:26)] # a simple subset
R> available[ ! available %in% installed ]
[1] "K" "L" "M" "N"
R>
編集：あなたのフォローアップに応じて：
a) パッケージが Linux および Windows で「R CMD チェック」に合格しない場合、CRAN にアップロードされません。それでその仕事は終わりです。
b) 後でわかるように、最後にすべての依存関係を取得することも作業です。私たちは、http://debian.cran.r-project.org にある cran2deb のためにそれを行いました(これは、単なるインストール以上の本格的な Debian パッケージの構築を行います)。ビルドされた 2150 個のパッケージのうち約 2050 個が得られます。ライセンスのためにビルドを拒否するもの、ヘッダーやライブラリがないためにビルドできないもの、BioConductor パッケージなどを必要とするためにビルドできないものがあります。
次のコマンドを入力すると、すべてのパッケージが自動的にインストールされます。
install.packages(available.packages()[,1])
私はこれをテストしましたが、動作します
availablePackages=available.packages()
availablePackages<-as.vector(availablePackages[,1])
installedPackages=.packages(all.available = TRUE)
missedPackages<-setdiff(availablePackages, installedPackages)
for (i in 1:length(missedPackages))
{
pkgName <- missedPackages[i]
install.packages(pkgName)
}
print("END")
よろしく
私の経験からすると、すべての R パッケージを一度にインストールするのは賢明ではありません。これらすべてのパッケージを (ライブラリ関数を使用して) 呼び出さなくても、ホーム ディレクトリに置かれているだけで、R スタジオの速度が低下する可能性があります。少なくとも私の場合はそうでした。