33

UbuntuでRパッケージ（mcmcpackこの例では）をインストールする場合、次の2つのインストール方法から選択できます。

# Let the distribution's packaging system take care of installation/upgrades
apt-get install r-cran-mcmcpack

# Let R take care of installation/upgrades
install.packages("mcmcpack")

質問：

  • Rパッケージをインストールする2つの方法のいずれかが「ベストプラクティス」と見なされますか？
  • install.packages("mcmcpack")私が最初と後でapt-get install r-cran-mcmcpack-トラブルを予期する必要があると仮定しますか？
  • apt-get install r-cran-mcmcpack私が最初と後でinstall.packages("mcmcpack")-トラブルを予期する必要があると仮定しますか？
4

2 に答える 2

35

思ったほど簡単ではありません。

  • apt-get updateいつでも良い

    • パッケージは存在しますがr-cran-*、CRANの2100以上のパッケージのプールからは約150程度のパッケージしかないため、カバレッジはかなりまばらです。

    • パッケージは維持され、バグがなく、最新のものです

    • あなたはUbuntuによる年2回のリリースに十分満足しています

  • install.packages()後でupdate.packages()、いつでも良いです

    • r-base-devビルド時の依存関係（以外）をインストールするのに何が必要かを知っています

    • 更新update.packages()だけでなく、手動で実行してもかまいません。apt-get

仕事中のUbuntuマシンでは、2番目のソリューションを使用します。ただし、十分なカバレッジがある場合は最初の方が優れているため、amd64およびi386用に2050以上のバイナリdebパッケージを提供するcran2debを構築しましたが、Debianテスト専用です。それは私が家で使っているものです。

あなたが「トラブルを予期すべきか」という最後の質問については、いいえR_LIBS_SITE、/etc/R/Renvironment

# edd Apr 2003  Allow local install in /usr/local, also add a directory for
#               Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir 
# edd Jul 2007  Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS
R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:\
/usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}

これは、パッケージがに入るの/usr/local/lib/R/site-libraryに対し、によって管理されるパッケージはとにapt入る/usr/lib/R/site-library（基本パッケージの場合）ことを意味します/usr/lib/R/library。

それが問題を明確にすることを願っています。r-sig-debianメーリングリストは、このような質問についてより多くの情報を得た場所です。

于 2010-01-31T00:40:51.593 に答える
5

  • apt-get標準のシステムツールを使用して自動更新を取得できるため、ベストプラクティスの使用を検討します。

  • 2つのバージョンをインストールすると、混乱する状況に陥る可能性があります。Rの設定によっては、別のパッケージバージョンをロードする場合があります。通常、プライベート（おそらく古い）バージョンを最初にロードする必要があります。

  • 上記を参照。

于 2010-01-31T00:25:17.783 に答える