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これらのコマンドを使用すると、多少異なる結果が得られます。

ls "$MYDIR/*.avi"
md5sum "$MYDIR/*.avi"

win-bashを使用。前者は .avi で終わるファイルのみをリストし、後者は .avi を含むすべてのファイルのチェックサム計算を行います。これは期待されていますか？ワイルドカード操作はずっと同じように機能するはずだと思いました。

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