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次のエラーメッセージの解決策/理解に向けて誰かが私を導くことができれば幸いです:

f = h5py.File(filename, 'w', driver='mpio', comm=comm)
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/h5py/_hl/files.py", line 149, in __init__
fapl = make_fapl(driver,libver,**kwds)
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/h5py/_hl/files.py", line 37, in make_fapl
raise ValueError('Unknown driver type "%s"' % driver)
ValueError: Unknown driver type "mpio"

ubuntu ソフトウェア センターを使用して h5py をインストールしました。(h5cc -showconfig を実行したところ、並列 HDF5 が有効になっていることがわかりました。)

ubuntu 13.04の仮想デスクトップで有効になっているコアが1つだけで、コア2デュオを搭載したMacBook Airで実行しています。

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Ubuntu に付属する h5py のバージョンは、並列 HDF5 に対してビルドされていません。そのため、MPI ドライバーを使用できません。h5py を手動でビルドする必要があります。最も便利な方法は、virtualenv 環境を使用することです。これにより、並列の h5py バージョンが Ubuntu にインストールされたバージョンに干渉しなくなります。あなたがしなければならないことは次のとおりです。

  1. h5py.org から h5py ソース コードを展開します。
  2. virtualenv にいることを確認します (または、h5py をグローバルにインストールする場合は、インストールしないでください。ただし、Ubuntu で h5py をアンインストールすることをお勧めします)。
  3. $ export CC=mpicc
  4. $ python setup.py ビルド --mpi
  5. $ python setup.py インストール

それでおしまい。詳細については、 http://docs.h5py.org/en/latest/mpi.htmlを参照してください。

于 2014-03-31T15:57:18.160 に答える