Closure コンパイラに最適化しないものを伝える必要があります。
externs_url パラメータを追加して、オンライン コンパイラ ( http://closure-compiler.appspot.com/home ) でこれを行います。オンライン コンパイラでコードを入力すると、これに似たヘッダーが自動的に追加されますが、デフォルトでは externs_url パラメータはありません。
// ==ClosureCompiler==
// @output_file_name default.js
// @compilation_level ADVANCED_OPTIMIZATIONS
// @externs_url https://closure-compiler.googlecode.com/git/contrib/externs/jquery-1.9.js
// ==/ClosureCompiler==
https://code.google.com/p/closure-compiler/source/browse/contrib/externs/で現在利用可能な extern ファイルを確認できます。ほとんどすべてのバージョンの jQuery があります。
ダウンロード可能な Java バージョンのコンパイラでこれを行うには、cli で --externs_url パラメータを渡すか、必要な extern ファイルをダウンロードして、Palmerlee の回答のように --externs パラメータでそのファイル名を渡します。
高度な最適化をオンにできない理由に興味がある場合は、http://code.google.com/closure/compiler/docs/api-tutorial3.htmlを読んでください。