以下のコードには少し問題があります。基本的に、Enterボタンを押したときにwindow2を開くと同時にwindow1を閉じて、ウィンドウが2つではなく1つだけになるようにするコードが必要です。
コードは...
from tkinter import *
def window1():
window = Tk()
window.title("Welcome")
f = Frame()
f.pack()
label1 = Label(window, text = "Welcome to the random window")
label1.pack()
button1 = Button(window, text = "Enter...", command = window2)
button1.pack()
def window2():
screen = Tk()
screen.title("Pop-Up!")
fr = Frame()
fr.pack()
label2 = Label(screen, text = "This is a pop-up screen!")
label2.pack()
button2 = Button(screen, text = "Return", command = window1)
button2.pack()
window1()