Viewstack を使用する場合は、SWF をキャンバスなどのコンテナーに配置して、次のようにすることができます。
<mx:ViewStack>
<mx:Canvas show="(mySWFA.content as MovieClip).gotoAndPlay(0);">
<mx:SWFLoader id="mySWFA" source="mySWFA.swf"/>
</mx:Canvas>
<mx:Canvas show="(mySWFB.content as MovieClip).gotoAndPlay(0);">
<mx:SWFLoader id="mySWFB" source="mySWFB.swf"/>
</mx:Canvas>
</mx:ViewStack>
私はこれをテストしておらず、.content 部分について少し推測していますが、基本的な考え方は、スタック インデックスが変更されたときに Viewstack が show イベントを発生させるというものです。これにより、swf を巻き戻すためのフックが得られます。
また、Viewstack は、プロジェクト プロパティ -> Flex コンパイラ -> ブラウザ統合を通じて、ブラウザの進むボタンと戻るボタンに従うように設定できます。これがオンになると、自動的に機能するはずです。